生物医学中的纳米课程

课程讲师:Steven Taffet，博士，Aaron Glass，博士，Lisa Phelps
报名人数:6人
简要描述:课程将包括:流程介绍, 抗体板设计, 动手训练细胞仪, 流量数据分析(FloJo), 流式细胞术的新趋势

课程指导老师:Mark Schmitt博士
报名人数:10人
课程简介:为期4周，共4、2个小时. 涵盖最近关于酵母和哺乳动物细胞在线粒体DNA复制模式上存在分歧的论文. 这门课要求学生每周阅读几篇论文，并做好讨论的准备.

课程指导老师:Jason Horton博士，Sandra Hudson博士和Paul Aridgides医学博士
报名人数:20人
简介:在生物医学应用中，电离辐射被用作细胞毒性剂. 本课程将回顾电离辐射作为物理实体的独特方面, 它是原子的, 对活细胞和组织的分子和生理影响. 讨论的主题将包括辐射对细胞生物学的影响, 氧化应激和自由基化学, 在癌症治疗中的应用, 实验模型系统, 与辐射照射有关的不良事件和毒性, 基础放射生物学的临床转化为放射肿瘤学的实践. 本课程将以演讲/讨论为基础, 并辅以老师布置的阅读材料. Student performance will be assessed on the basis of participation in in-class discussion and completion of two home-work assignments.

课程讲师:克里斯托弗·保利诺，医学博士，克里斯蒂娜·卢彭，公共卫生硕士，亚伦·格拉斯，博士，丽莎·韦尔
报名人数:10人
简短描述: Vaccine Development nanocourse will feature 7 one-hour lecture and discussion sessions of the following:

1. 前言:疫苗对疾病流行病学的历史影响和疫苗开发的经济负担
2. 监管事务的历史和疫苗开发的监督
3. 疫苗和免疫记忆
4. 疫苗作为治疗手段:如何用疫苗对抗癌症
5. 疫苗和免疫技术进展
6. 关于疫苗安全性的辩论:反对vaxxer与支持vaxxer
7. 新疫苗:挑战和发展前景

课程指导老师:Mark Schmitt博士
报名人数:8人
简要描述:课程将在四周的时间内进行4,2小时的课程. 每周布置1-3篇论文. 在课堂上，学生将讨论论文，并研究研究的方向, 如何决定最好的行动方针，以进一步推动该领域的发展. 主题将深入探讨下一步应该做什么实验, 这些实验应该如何进行, 预期结果, 等.

课程指导老师:Stewart Loh博士和Thomas Duncan博士
报名人数:10人
简短描述: This is primarily a laboratory course in which students will receive hands-on training on how to detect and quantify interactions between biomolecules (proteins, 核酸)和它们的结合伙伴(蛋白质), 肽, 核苷酸, 小分子, 和药物). 学生的任务是测量上述互动的几个例子的绑定亲和力. 学生将设计使用三种仪器进行的结合实验:(1)荧光板阅读器, (2)等温滴定量热计, (3)生物层干涉仪. 学生将准备样品, 在这三种仪器上分别做实验, 并利用厂商提供的软件对绑定数据进行分析. This course is meant to provide students with theoretical knowledge as well as practical experience that will help them in their own research projects.

课程指导老师:Kenneth Mann，博士
报名人数:8人
简要描述:本课程将涵盖骨骼使用材料和结构框架的机械方面. 基本的固体力学概念，如应力, 应变, 变形, 弹性, 可塑性, 粘弹性也会被探讨. Structural mechanics concepts will include simple beam theory and how this can be used with CT image sets and the BoneJ plugin via IMAGEJ. Experimental approaches to determine bone material/structural properties will be introduced to determine bone properties from larger (human) and small laboratory animal tissue. 七周一小时的互动讲座形式. 在课程结束时, 学生将具备表演所需的基本背景, 解释, 并对骨科研究中常用的小骨标本进行生物力学实验分析. 本课程将要求学生完成简短的习题以强化主要概念. Assessment of student performance will be based on participation during in-class discussion and completion of home-work assignments.

课程指导老师:Bruce Knutson博士
报名人数:6人(或12人)
简短描述: The main goal of this nanocourse is to give graduate students the opportunity to obtain teaching experience by running a journal club for 本科生暑期研究奖学金(SURF) students. 学生将有机会组织, 温和的, 并评估由5-6名研究员组成的小组对期刊俱乐部的参与情况. Graduate students will meet with Fellows once a week starting the second week of June and running until all Fellows have presented. Graduate students will also meet with the course instructor at the beginning and end of the journal club program for mentoring, 建议, 和反馈.

课程指导老师:Julio Licinio，医学博士，博士
简要说明:如何准备，提交和重新提交...

课程指导老师:Alaji Bah，博士
报名人数:10人
简介:在这门纳米课程中, 我们将专注于推荐的策略来表达和纯化折叠和内在无序的蛋白质 E. 杆菌 和标准色谱技术. 我们将首先讨论如何获得您感兴趣的基因的cDNA, 多种表达载体可用, 克隆straties, E. 杆菌 可用菌株，试验表达方案，扩大规模以满足您的需求等. 然后, then we discuss how we can use the physico-chemical properties and the biological function(s) of the protein to guide our purification strategies. 我们将讨论蛋白质“纯度”的概念(你的蛋白质应该有多纯)?). 最后, 我们将探索如何“验证”我们纯化的蛋白质是您感兴趣的蛋白质，并且它是“功能性的”。. 所有这些讨论都将伴随着我的实验室对一种蛋白质的表达/纯化的演示.

课程指导老师:Vladimir Kuznetsov博士
报名人数:3-15人
简要描述:生物信息学:大图景. 定义和分支. 与其他学科的链接:生物技术, 基因组学与系统生物学, 大数据科学, 计算, 统计数据, 进化, 综合与预测医学. 命名法和注释系统. 基因本体论. 基因组、转录组和蛋白质组复杂性. 生物信息学数据库，网络工具和软件. 主要的数据库，网站和软件分析DNA, RNA和蛋白质序列. 微阵列，下一代序列和大数据分析的基本生物信息学工具. 序列的获取与比较. 配对和多重校准软件. 数据格式. Blast, BLAT等类似软件. 综合生物信息学策略. 生物信息学的基本概率论和统计方法. 富集与相关分析. 网络和路径分析工具. 比较进化. 作为系统发育树的排列序列.

课程指导老师:Vladimir Kuznetsov博士
报名人数:3-15人
先决条件:gs647 - 013
简介:人类基因组, DNA元素百科全书(ENCODE), TCGA和其他组学项目. 映射和数据集成. 基本功能基因组学和转录组学工具. 非编码DNA和RNA. RNA-seq, Chip-Seq, CHIA-PET, CAGE, DRIP-seq方法. 转录因子和位置特异性基质. 转录调控. 基因组和转录组结构和复杂结构. 网络分析与路径. 非规范结构及其分析. RNA-DNA-protein interactome. 疾病关键基因组区域鉴定. TCGA基因组门户和工具. 计算生物学，生物信息学，整合基因组学和预测肿瘤学. 癌症分类，患者预后，疾病预测和新的生物标志物的发现.

课程指导老师:刘春雨，博士学位，张春玲，MS
报名人数:10人
前提条件:学生应携带自己的笔记本电脑(PC或Mac)，可以访问大学的VPN网络, 并且在注册课程后需要安装一些软件(待指定).
简介:我们将向生物学家介绍计算机的基本知识, 谁有兴趣成为专业的生物信息学家, 数据分析师, 或者利用生物信息学工具分析自己的实验数据. 在7小时的课程中, 我们将描述硬件和软件的基本概念, 计算机部件, 网络和超级计算机, 主要的操作系统, 文件系统和目录, 文件类型和内容, 网络协议. 我们将为学生提供第一手的专业生物信息学家真实工作环境的实践经验. 我们引导学生规划他们在生物信息学领域的未来.

课程指导老师:Barry Knox博士
入学限制:无
简短描述: The purpose of this course is to familiarize the student with new 发展s in the accelerating world of G-protein coupled receptor research. 这门课程将结合演讲和对最新进展的讨论. 鼓励学生将他们对特定受体或生物过程的兴趣带入讨论. 以下主题将在单独的会议上讨论:

1. gpcr概论及其进化史(1小时)
2. 新的GPCR方法:信号，结构和筛选(2小时)
3. GPCR 在网上 (1小时)
4. gpcr:无脊椎动物和孤儿(2小时)
5. 致幻剂gpcr (1.5小时)
6. 粘附gpcr (1).5小时)

要求阅读(2篇文章/次)将被分配用于讨论，然后由讲师领导的演示. 可根据要求包括其他主题.

课程指导老师:Cyndi Shannon Weickert博士
报名人数:12人
简短描述: This course will begin by reviewing the evidence that mental illness (depression and schizophrenia in particular) can be understood as disorders of the immune system. 下一个, we will cover the evolving terminology used in the field of neuroinflammation from the perspective of the body and the brain. 然后, we will discuss examples from known neurodegenerative disorders to better understand how neuronal signals stimulate a glial inflammatory reaction. 我们将对比星形胶质细胞和小胶质细胞在脑炎症中的神经营养和神经毒性作用. 最后, 我们将考虑外周免疫细胞在加重或可能改善脑组织损伤中的作用. 这门课将包括课外阅读, 讲座报告, 讨论几篇最近的期刊文章和书面评估.

以下主题将在单独的会议上讨论:

1. 先天和适应性、急性、慢性和“无菌”脑炎症简介(1).5小时)
2. 从经典定义的神经炎症中得到的教训(1).5小时)
3. 脑胶质的双刃剑(1).5小时)
4. 我们对小胶质细胞和小胶质样细胞不断变化的认识(1).5小时)
5. 只是谁在越过大脑的“柏林墙”? 以及如何? (1.5小时)
6. 免疫学家能教精神科医生什么，反之亦然? (1.5小时)

必读:学生将被要求在课前阅读Edward Bullmore的《推荐最近最火的赌博软件》一书. At least four chapters from the text book “Neuron-Glia Interaction in Neuroinflammation” Edited by Akio Suzumura and Kazuhiro Ikenaka, will be assigned reading prior to a presentation and discussion led by instructor with 1-2 students assigned as co-discussants. 期刊文章(n=4)将被指定阅读，以补充教科书. 学生应完成阅读并为课堂讨论做好准备. 为了测试神经炎症的基本概念是否已经被学习并可以应用, 学生需要在不到半页纸的时间内回答4/6个短文题. The set of questions will be given during the first day of class and will be expected to be completed and turned in on the last day of class.

课程指导老师:Saravanan Thangamani, 博士学位
报名人数:6人
简短描述: The goal of this course is to introduce students to arthropods that are vectors (Ticks and Mosquitoes) for a wide variety of infectious agents (Dengue virus, Zika病毒, 基孔肯雅病毒, Powassan病毒, 疟原虫(疟疾病原体), 以及导致人类疾病的伯氏疏螺旋体(莱姆病病原体). 噬血节肢动物的独特生物学特性，已进化为促进媒介之间的共存, 病原体, 脊椎动物宿主将在讲座和实践环节中进行讲解. 课程将以节肢动物的一般介绍为基础. 然后, 使用具体的例子, 感染的过程, 发展, 病原体的传播也会被讨论. 这将包括涉及宿主位置的矢量行为, 促进供血和消化的生理适应, 影响病媒-病原体关系的因素. 将从历史的角度讨论控制病媒传播疾病的各种办法, 同时考虑到现代分子方法在未来的应用. 基于期末考试和实习的评估.

课程指导老师:George Fulk, PT, 博士学位 & Christopher Neville, PT, 博士学位
报名人数:10人
简短描述: Postural control is a term used to describe the way our central nervous system (CNS) regulates sensory information from other systems to produce the necessary motor output to maintain upright posture. 视觉, 前庭, 体感系统是参与姿势控制和平衡的主要感觉系统. This course will provide a brief background on the organization of the CNS to control posture in static and dynamic conditions. 下面介绍一下, the focus will be on postural control measurement using a variety of available technologies from both clinical and research environments. 本课程将以上述技术信号的解释和分析结束.

课程指导老师:Scott Blystone, 博士学位
入学限制:无
简短描述: Introduction to Light Microscopy will provide students with a suitable background to responsibly utilize microscopy as an experimental tool for biologic research. 这门课将涵盖历史, 显微术从开始到现在的主要发展的理论和力学. Equipment and software used for acquisition and analysis of data are described and evaluated along with the provision of resources to understand and adopt new technology and technique as it develops. 荧光成像, 光学切片, confocal imagery and superresolution approaches are presented in detail along with dynamic imaging including photobleaching and activation techniques. 课程的最后部分将深入了解元数据, 合乎伦理的声音图像处理, 微观数据的定量和表示.

这门课大概是8.5小时的自定节奏视频，分为22段. 本课程可在学期注册期限内随时开始和结束. 每个视频片段的作业必须作为课程成绩退还. 非学生可在任何时间修读本课程，有或没有作业，请联系博士. 布莱斯顿的课程包.

课程指导老师:Mark Schmitt博士
入学限制:无
简介:在这门纳米课程中, 我们将重点关注更好地了解冠状病毒结构生物学的策略. 目标读者是结构生物学爱好者，他们可能是也可能不是结构生物学家. 本课程将是讲座和展示的结合, 讨论最新进展, 以及为研究做出贡献、协助外联和知识分享的实际努力. 鼓励学习者将他们对某一特定方面或生物过程的兴趣带入讨论.  本课程将完全在线完成.

以下主题将在单独的会议上讨论: 

1. 参与:Folding@推荐最近最火的赌博软件, Proteopedia和其他努力(1小时)
2. 冠状病毒结构生物学简介及其局限性(1).5小时)
3. 结构生物学数据收集和格式概述(1).5小时)
4. 使用Python大规模分析结构数据(1小时)
5. 大分子可视化(1).5小时)
6. 关于Folding@推荐最近最火的赌博软件 /可视化/推广工作的报告(1).5小时)

小组讨论和努力跟随导师的演讲. 可根据要求包括其他主题.

不需要任何外部工作，因为练习或使用这些程序完全是自愿的.  我们只是想介绍一下生物信息学工具，并演示如何使用它们来推进科学.  本课程不要求有核心课程以上的背景.  这门课将完全在线完成.

课程指导老师:Alaji Bah，博士
入学限制:无
简介:本纳米课程是为在生物化学方面有专业知识或兴趣的学生(和教师)设计的, 分子, 结构与计算生物学, 谁愿意运用他们的技能来了解SARS-CoV-2的蛋白质组生物学, 最终目的是利用这些知识来确定治疗靶点.

在介绍了冠状病毒之后, 我们将特别关注SARS-CoV-2的蛋白质组, 我们将鉴定病毒的蛋白质及其潜在的生物学功能. We will determine whether the structures of these proteins (or their homologs and/or their complexes) have solved and deposited in protein databases. 如果没有可用的结构信息，学生将使用计算工具生成同源模型. 这些结构可以作为基于结构的药物设计的起点.

我们还发现病毒蛋白质组中不能单独折叠的区域.e所谓的内在无序蛋白质或蛋白质区域(IDPs/IDRs), 它们通常是翻译后修饰(PTMs)的目标位点. 参与“书写”的病毒或宿主蛋白质, 将确定“读取”和“擦除”这些ptm，以探索针对它们的可行性. 最后, 除了确定独特的SARS-CoV-2目标之外, 我们将调查其他冠状病毒中已知的靶点是否也可以在SARS-CoV-2中利用. 

联系时间:每周一和周四约1小时WebEx，持续三周 

成绩评定:参与

课程指导老师:Stephen Faraone, 博士学位; Stephen Glatt, 博士学位; Yanli Zhang-James, MD, 博士学位; Jonathan Hess, 博士学位
入学限制:无
简短描述:
转到ML-1:法罗内
转到ML-2:法罗内
随机森林 & 成像应用:Zhang-James
支持向量机:Hess/Glatt
整体学习 & 神经影像学的应用:Zhang-James/Faraone
神经网络 & Covid-19的应用:Faraone & Zhang-James
卷积神经网络 & 基因组学的应用:Faraone
支持向量机及其在转录组学中的应用:Hess/Glatt
集合学习:Zhang-James
多任务学习和成像数据的应用:Faraone/Zhang-James
学生的成绩将以课堂参与度为基础.

课程指导老师:Adam Waickman博士
报名人数:15人
简短描述:
预期接触时间:8小时的接触时间，分成2天.
提出的计划
第一天(2-3小时)
- scnaseq概述(历史)
-下一代测序原理
- scRNAseq有什么用
- scRNAseq有什么不好的
-实验设计考虑
-湿工概述和设备评审
第2天(5-6小时)
-数据分析第一部分:linux环境下的原始测序数据分析(需要HPC)
-数据分析第二部分:R中的数据可视化和统计分析
-动手数据分析
-最后总结:回顾和开发中的新技术
学生将有机会动手分析一些数据集.

学生的成绩将以课堂参与度为基础.

课程指导老师:Jessica Ridilla，博士
报名人数:10人
简短描述:

课程指导老师:林英喜，博士
入学限制:无
简短描述:
This nanocourse is designed to teach beginners how to code with R in a context that is relevant to the demands of biology/neuroscience. The course with cover the basics of R functionality and data types and structures and will expand on that knowledge to enable statistical and graphical examination of data. 使用的示例数据集将包括组织学定量, 电生理测量, 行为评估, 和RNA测序结果. RStudio将用于实现基本R函数以及dplyr和ggplot2包.
评估/评价: 如果学生参加了7周的课程并提交了最后的报告，他们将获得及格分数.